О происхождении японского шпица существуют разные теории. В стандарте кратко рассматривается история возникновения, и последующее историческое описание в основном ограничивается этой версией. Предполагают, что японский шпиц происходит от немецкого белого большого шпица, и что после 1920 года через Сибирь и Северовосточный Китай он попал в Японию. В последующее время до 1936 года белые шпицы ввозились из Канады, США, Австралии и Китая, и их потомки скрещивались между собой, чтобы улучшить породу. Так, русский шпиц (30-35 см) через Китай и Манчьжурию попал в японские питомники шпицев, а так же попала туда и несколько большая (~40см) собака американских эскимосов. Даже если маленький японский шпиц "улыбается, как самоед", он не является родственником самоеда.

Японский клуб собаководов составил в 1948 году единый стандарт, который в переработанном виде существует с 1987 года. Первый зарегистрированный японский шпиц по кличке Хакурио родился в августе 1947 года. Порода эта была особенно любима в 50-е годы, и разведение этой породы было успешным, в год регистрировалось почти 4500 щенков. Однако с экономическим и промышленным подъемом в последующие десятилетия японский шпиц утратил свою притягательность, он больше не использовался как охранник имущества, а в больших городах не было для него места. Разведение породы испытывало большой спад, и в 70-е годы было зарегистрировано менее 500 щенков.

Только когда японский шпиц был "снова открыт" как домашняя собака и как спутник своего хозяина, численность породы могла снова восстановиться, и сегодня она является любимой и бурно растущей породой. В 1994 и 1995 годах японским клубом собаководов соответственно зарегистрировано 1784 и 2059 щенков. На своей родине японского шпица (нихон супитцу) опекает японский клуб собаководов и Ассоция японских шпицев, основанная в 1959 году.